Pymol

Pymol en gran parte es de acceso gratuito aunque algunas opciones especiales solo son asequibles si se compra la versión de Schrödinger INC. Es preferible instalar pymol en linux o en Mac OSX, aunque tal vez es posible instalarlo también en windows usando cygwin. En fedora y en ubuntu pymol es uno de los programas predetermindos en las listas de software, así que se puede instalar usando:

sudo yum install pymol
sudo apt-get install pymol

Sinembargo para obtener la versión mas reciente y para poder hacer una pequeña modificacion que permite leer archivos de trayectorias de dinámica molecular (AMBER y CHARMM) en pymol, es conveniente bajar el código fuente usando subversion:

svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk pymol

Es recomendable empezar el proceso de instalación automático con yum o apt-get para enterarse de los paquetes de los cuales depende pymol para poder instalarlos antes de realizar la compilación del código fuente bajado via subversion.

Una vez se han instalado las dependencias se puede modificar el archivo setup.py de acuerdo con las siguientes instrucciones que proceden de la lista de usuariosde pymol en internet:

Open setup.py  and uncomment lines  126, 127, 146 and  change the
zero on  line 293 with  a 1.  Basically  all the lines that  deal with
"VMD plugin support".  Then recompile.

Con estos pasos tan solo queda seguir las instrucciones de instalacion de pymol en INSTALL.

Empezando con la versión 1.5 el truco anterior para habilitar la lectura de archivos de trayectorias de dinámica molecular no funciona, por lo cual hay que usar las nuevas instrucciones que se encuentran en la página wiki de pymol (ver segundo mensaje de la lista de correos):

En Mac OSX la instalacion puede tener un conflicto con los archivos de procesamiento gráfico y es entonces necesario inciar pymol con la opcion -M.

pymol -M 

Ahora tan solo nos resta empezar a usar pymol para ver modelos moleculares. Mi forma favorita es aquella de bajar una molécula del protein data bank (PDB) con un script escrito en pymol que se usa en línea de comandos:

pdb_get 1ehz

Una vez hemos bajado una estructura del PDB podemos visualizarla en pymol.

pymol 1ehz.pdb

Sinembargo obtenemos una estructura que tiene unos colores predeterminados que no corresponden a los colores usualmente usados en quimica, esto es, los carbonosson de color verde, color que generalmente se reserva para los cloros. Para remediar esto se puede generar un archivo .pymolrc para configurar el inicio de pymol para que tenga un fondo blanco y los colores de los atomos correspondan a la convencion CPK (Corey-Pauling-Koltun)

Una gran ventaja de pymol es que esta programado en pymol y por lo tanto escribir "scripts" para interactuar con pymol es muy natural.

Practicamente cualquier tarea que sea necesario automatizar en pymol se puede lograr creando un archivo .pml

En el directorio:

~/Taller/Pymol/JamesPLewis

Se encuentra un ejemplo de como interactuar con pymol para generar una animacion de una doble helice de RNA que ha sido estirada levemente de uno de sus lados.

VMD

VMD 1.9.1 se puede bajar de http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD. Una vez compilado VMD no requiere configuraciones especiales mayores. Un archivo .vmrdc puede usarse para guardar preferencias de visualizacion.

VMD es especialmente poderoso para interactuar con el programa de Mecanica y Dinamica Molecular NAMD, pero tambien puede ser usado para manipulacion de trayectorias obtenidas con CHARMM.

Los script de VMD tienen extension vmd y se pueden ejecutar de la siguiente manera:

vmd -e cartoons.vmd